農業用地違反區域計畫法或都市計畫法土地使用管制規定者，應依區域計畫法或都市計畫法規定處理。
農民團體、農業企業機構或農業試驗研究機構依本條例許可承受之耕地，違反第三十六條規定，擅自變更使用者，除依前項規定辦理外，對該農民團體、農業企業機構或農業試驗研究機構之負責人，並處新臺幣六萬元以上三十萬元以下罰鍰。
農業用地違反區域或都市計畫使用管制，依各該法律處理。農民團體、農業企業或試驗研究機構經本條例許可取得耕地，卻違反第36條擅改用途時，另對負責人處6萬至30萬元罰鍰。