國土功能分區及其分類之土地使用原則如下：
一、國土保育地區：
（一）第一類：維護自然環境狀態，並禁止或限制其他使用。
（二）第二類：儘量維護自然環境狀態，允許有條件使用。
（三）其他必要之分類：按環境資源特性給予不同程度之使用管制。
二、海洋資源地區：
（一）第一類：供維護海域公共安全及公共福址，或符合海域管理之有條件排他性使用，並禁止或限制其他使用。
（二）第二類：供海域公共通行或公共水域使用之相容使用。
（三）其他必要之分類：其他尚未規劃或使用者，按海洋資源條件，給予不同程度之使用管制。
三、農業發展地區：
（一）第一類：供農業生產及其必要之產銷設施使用，並禁止或限制其他使用。
（二）第二類：供農業生產及其產業價值鏈發展所需設施使用，並依其產業特性給予不同程度之使用管制、禁止或限制其他使用。
（三）其他必要之分類：按農業資源條件給予不同程度之使用管制。
四、城鄉發展地區：
（一）第一類：供較高強度之居住、產業或其他城鄉發展活動使用。
（二）第二類：供較低強度之居住、產業或其他城鄉發展活動使用。
（三）其他必要之分類：按城鄉發展情形給予不同程度之使用管制。
四大國土功能分區的使用原則不同：保育第一類重維持自然並禁止限制其他使用，第二類允許有條件使用；海洋第一類著重安全公益或有條件排他使用，第二類供公共通行、水域的相容使用；農業第一類重生產及必要產銷設施，第二類可含產業價值鏈所需設施；城鄉第一類強度較高、第二類較低。各區也可有其他必要分類，須按資源條件管制。這是法定分區原則，實際土地管制須配合功能分區圖公告與相關規則。