本題涉及共有土地分割協議之效力、所有權人對占有人之物權請求權、取得時效抗辯，以及裁判分割之要件，茲依民法相關規定分述如下：
（一）甲、乙協議分割A地之效力及丙之地位
按民法第824條第1項規定：「共有物之分割，依共有人協議之方法行之。」共有人達成分割協議者，僅於共有人間發生債權效力，必須完成分割登記，始發生物權變動之效力（民法第758條第1項參照）。
本題甲、乙於90年間協議將A地分割為A-1地、A-2地，分別由甲、乙各自取得，惟雙方始終未辦理分割登記。故依民法第758條規定，物權變動尚未完成，A地仍為甲、乙各持分二分之一之共有狀態。
至108年甲死亡後，丙為甲之獨子，依民法第1138條第1款及第1148條第1項規定：「繼承人自繼承開始時，除本法另有規定外，承受被繼承人財產上之一切權利、義務。」故丙繼承甲對A地二分之一持分之所有權，並概括承受甲之一切法律關係，包含與乙間未完成登記之分割協議。
（二）丙得否向丁請求拆屋還地，丁得否以取得時效抗辯
1. 丙之物權請求權
按民法第767條第1項前段規定：「所有人對於無權占有或侵奪其所有物者，得請求返還之。」又同條第1項中段規定：「對於妨害其所有權者，得請求除去之。」此即所謂「物上請求權」中之返還請求權及妨害除去請求權。
又依民法第821條規定：「各共有人對於第三人，得就共有物之全部為本於所有權之請求。但回復共有物之請求，僅得為共有人全體之利益為之。」故共有人得以全體之利益，單獨行使物上請求權。
本題丁未經A地共有人甲（其後為丙）、乙之同意，擅自於A地一部分搭建B屋作為倉庫及車庫使用，係屬無權占有。丙身為共有人，依民法第767條第1項及第821條之規定，得請求丁拆除B屋（妨害除去請求權）並返還占用之土地（返還請求權）。
2. 丁之取得時效抗辯不能成立
按民法第769條規定：「以所有之意思，二十年間和平、公然、繼續占有他人未登記之不動產者，得請求登記為所有人。」又民法第770條規定：「以所有之意思，十年間和平、公然、繼續占有他人未登記之不動產，而其占有之始為善意並無過失者，得請求登記為所有人。」此即「取得時效」制度。
惟須注意者，取得時效之適用客體限於「未登記之不動產」。本題A地既經登記為甲、乙共有，自非未登記之不動產，丁無從依民法第769條或第770條取得所有權。
雖民法第772條規定取得時效準用於所有權以外之財產權（如地上權、農育權等），惟丁係未經同意「擅自占用」之無權占有人，並非以行使地上權之意思為占有，且A地為已登記之不動產，亦無從主張時效取得地上權登記請求權（最高法院68年度第13次民事庭會議決議參照）。
3. 取得時效不適用於物上請求權
退萬步言，縱令丁主張其占有已超過15年得拒絕拆除返還，亦無理由。蓋依民法第125條之規定，物上請求權雖屬請求權，依司法院釋字第107號解釋及釋字第164號解釋，已登記不動產所有人之回復請求權及除去妨害請求權，不適用消滅時效之規定。換言之，丙基於A地共有人之地位，行使民法第767條第1項所定之物上請求權，並不因丁占有時間之長短而消滅。
從而，丁不得以其占有已超過15年為由拒絕拆除B屋及返還土地，丙之請求應有理由。
（三）丙得否另行請求裁判分割A地
1. 共有物分割協議之拘束力
按民法第824條第1項規定，共有物之分割，得依共有人之協議或法院之裁判為之。共有人間達成分割協議者，依誠信原則及契約之拘束力，原則上各共有人應依協議內容履行。
惟學說及實務見解均認為，分割協議之拘束力，並非絕對。例如：
(1)協議內容違反公序良俗、強制禁止規定者，依民法第71條、第72條規定無效；
(2)當事人受詐欺、脅迫者，依民法第92條規定得撤銷；
(3)協議顯失公平者，得依民法第74條規定請求法院撤銷；
(4)情事變更原則之適用（民法第227條之2）。
2. 共有物分割之請求權及消滅時效
依民法第823條第1項規定：「各共有人，除法令另有規定外，得隨時請求分割共有物。但因物之使用目的不能分割或契約訂有不分割之期限者，不在此限。」此即「分割請求權」。又依民法第125條之規定，請求權因15年間不行使而消滅；惟司法院釋字第107號及釋字第164號解釋認為，已登記不動產之物上請求權不適用消滅時效。
惟分割請求權之性質為形成權說（通說），非單純請求權，故不適用消滅時效規定。共有人得隨時請求分割共有物，已依協議分割者，即不得再請求分割（最高法院70年台上字第3990號判例參照）。
3. 已成立之分割協議與另行請求裁判分割
學說及實務通說認為（最高法院59年台上字第1198號判例、最高法院86年台上字第2879號判決），共有人間既已就共有物達成分割協議，即生債權效力，應依協議履行；若一方拒絕履行協議內容者，他方得訴請履行（即訴請辦理分割登記及交付土地），不得另行請求裁判分割。
惟此項見解之適用，仍以「分割協議有效成立」為前提。倘分割協議有民法第74條規定之顯失公平、第88條錯誤、第92條詐欺脅迫、或第71條、第72條違反強行規定或公序良俗等情事，得依各該規定撤銷或認其無效；分割協議經撤銷或無效者，原共有關係回復，得另行請求裁判分割。
至於本題，丙以「分割協議顯失公平」為由拒絕履行，依民法第74條第1項規定：「法律行為，係乘他人之急迫、輕率或無經驗，使其為財產上之給付或為給付之約定，依當時情形顯失公平者，法院得因利害關係人之聲請，撤銷其法律行為或減輕其給付。」惟同條第2項規定：「前項聲請，應於法律行為後一年內為之。」蓋甲、乙協議於90年間成立，至甲死亡之108年已逾18年，丙繼承後縱欲行使撤銷權，亦已罹於除斥期間，無法主張撤銷。
從而，丙不得僅以協議顯失公平為由，拒絕履行原分割協議；亦無從另行請求裁判分割A地。除非丙能舉證該協議自始無效（例如違反強行規定或公序良俗），否則應依甲、乙原協議辦理分割登記，方為正辦。
【結論】
綜上所述，本題甲、乙未辦理分割登記，A地仍為共有狀態，丙繼承後得本於共有人之地位行使物上請求權；丁占用A地建造B屋係屬無權占有，因A地為已登記之不動產，不適用取得時效規定，且物上請求權不因時效而消滅，丁不得以占有已超過15年為由拒絕拆除返還，丙之拆屋還地請求應有理由。又甲、乙原分割協議仍對共有人發生債權效力，丙以協議顯失公平為由拒絕履行，因撤銷權之除斥期間已逾，無法主張撤銷，故丙不得另行請求裁判分割A地，而應依原協議內容辦理分割登記。