本題涉及農業發展條例及非都市土地使用管制規則之相關規定，就非都市土地辦理鄉村區住宅活動既有土地利用資料比對後之兩種情形，分別說明主管機關與土地所有權人之應有作為，以及查與事實不符時之處理方式。
一、政策目的
農業發展條例制定之目的，在於確保農業永續發展，維護農業生產環境，農地農用乃核心政策。依農業發展條例第18條規定，農業用地在未變更為非農業使用前，不得興建農舍或供其他非農業使用，藉此防止農地遭任意轉作住宅或其他非農業目的。非都市土地鄉村區住宅活動之既有土地利用資料比對，即係為確認農地是否存在限制移轉之情形，以保障農地農用政策之落實。
二、「尚未完成一定期限之限制移轉」時，主管機關與土地所有權人之作為
（一）主管機關之作為
依農業發展條例及非都市土地使用管制規則之規定，當既有土地利用資料與非都市土地資源資料庫比對後，發現屬「尚未完成一定期限之限制移轉」者，主管機關應辦理下列事項：
1. 主管機關應通知土地所有權人，告知其土地目前受限制移轉之法律狀態，並說明限制移轉期間之屆滿時點。
2. 主管機關應依法於地籍資料或相關登記簿冊上加註限制移轉之事項，以公示限制之存在，防止土地於限制期間內遭違法移轉。
3. 主管機關應持續追蹤管理，確保土地所有權人於限制期間內遵守農業發展條例之限制規定，不得為不符規定之土地移轉行為。
（二）土地所有權人之作為
土地所有權人於此情形下，應遵守下列義務：
1. 土地所有權人應配合主管機關之通知，瞭解其土地受限制移轉之內容及期間，不得於限制期間內為違法移轉行為。
2. 依農業發展條例第16條規定，農業用地移轉時，受讓人須具備農民資格或符合相關條件，土地所有權人應確認擬受讓人之資格是否符合規定，俟限制期間屆滿後，始得依法辦理移轉。
3. 如土地所有權人對資料比對結果有異議，應主動向主管機關申請查核，提出相關證明文件，以釐清事實。
三、「已逾一定期限」時，主管機關與土地所有權人之作為
（一）主管機關之作為
當比對結果為「已逾一定期限」者，表示土地原受限制移轉之期間已屆滿，主管機關應辦理下列事項：
1. 主管機關應辦理解除限制移轉之相關行政程序，更新非都市土地資源資料庫及地籍相關資料，以反映土地已無限制移轉之現況。
2. 主管機關應通知土地所有權人，告知其土地限制移轉期間已逾，依法可申請辦理土地移轉相關手續。
3. 主管機關仍須審核擬移轉之申請，確認移轉用途符合農業發展條例及非都市土地使用管制規則之相關規定，不得任意變更農業用地之使用性質。
（二）土地所有權人之作為
土地所有權人於限制期間屆滿後，得辦理下列事項：
1. 土地所有權人可向主管機關或地政機關申請辦理移轉登記相關手續，惟仍須確認移轉對象及移轉後土地使用之合法性。
2. 依非都市土地使用管制規則，土地所有權人申請移轉時，應備妥相關文件，包括土地登記謄本、農業用地使用管制相關證明等，向主管機關申辦。
四、查與事實不符時之處理方式
（一）比對結果顯示「尚未完成一定期限之限制移轉」，惟實際上限制期間已屆滿或不存在限制者
1. 土地所有權人應主動向主管機關提出異議，並檢附足以證明事實之相關文件，例如原移轉契約書、農業使用證明、或相關行政機關出具之證明文件等，申請更正資料庫之記載。
2. 主管機關接獲申請後，應儘速查明事實，若確認比對結果有誤，應即更正非都市土地資源資料庫之記載，並通知土地所有權人，使其得依法辦理後續移轉手續，不得以錯誤之資料庫記載為由，拒絕受理合法移轉申請。
（二）比對結果顯示「已逾一定期限」，惟實際上仍在限制移轉期間者
1. 主管機關應主動或依第三人檢舉查核，若發現資料庫記載錯誤，應即更正，並重新加註限制移轉之事項，防止錯誤資料導致違法移轉之發生。
2. 若土地所有權人已依錯誤之資料庫資訊辦理移轉，主管機關應依農業發展條例相關規定處理，視情形撤銷或廢止違法之移轉登記，並依法追究相關責任。
3. 主管機關應依行政程序法規定，給予土地所有權人陳述意見之機會，於查明事實後作成行政處分，並告知救濟途徑。
五、結論
綜上所述，非都市土地鄉村區住宅活動既有土地利用資料之比對管理，係農業發展條例農地農用政策之重要執行工具。無論比對結果為「尚未完成一定期限之限制移轉」或「已逾一定期限」，主管機關均負有積極之行政管理義務，土地所有權人亦應依法遵守或主動申請更正，以確保農地利用之合法性與農業發展政策之落實。若查有不符事實之情形，雙方均應積極啟動更正程序，以維護土地資料之正確性及土地所有權人之合法權益。